Parallèlement aux différents programmes d'actions menés conjointement entre associations et institutions publiques, la DREAL fait réaliser en 2011 et 2012 une étude cartographique des habitats d'espèces pour le site Natura 2000 Chiroptères du Morbihan. Cette cartographie visait à identifier les enveloppes paysagères ainsi que les éléments du paysage pertinents (voie de transition/sorties et entrées de gîtes, liens fonctionnels, zones d'alimentation) pour la conservation des colonies de chiroptères du site et plus particulièrement des colonies de reproduction.
Ce travail réalisé par Bretagne Vivante en collaboration avec Amikiro et Althis a abouti pour le grand murin, le petit rhinolophe et le grand rhinolophe à établir une cartographie des zones sensibles pour leur conservation devant permettre de cibler les zones qu'il convient de maintenir pour l'alimentation de ces populations de chauves-souris et pouvant servir de base pour préconiser des modes de gestion et de restauration des habitats de chasse qui leur sont favorables. *
Ainsi, le travail de prospection des associations environnementales a permis au cours des dernières années de cibler des gîtes majeurs pour la sauvegarde des espèces. Cette connaissance a été déterminante pour le choix des gîtes du périmètre du site Natura 2000 "Chiroptères du Morbihan".
Par ailleurs, la collaboration avec les associations a fortement contribué à la rédaction du chapitre diagnostic écologique (du DOCOB). Les informations relatives aux colonies de chauves-souris, leurs effectifs, leurs comportements à l'intérieur et à l'extérieur des gîtes, les menaces qui pèsent sur la conservation des espèces... sont le fruit de cette collaboration.
*DREAL Bretagne, 2012. Cartographie des zones sensibles pour la conservation des chiroptères du site Natura 2000 "Chiroptères du Morbihan" (grand murin, petit rhinolophe, grand rhinolophe).