Les menaces majeures pesant sur ces espèces sont les suivantes :
- La perte et l’altération des gîtes de reproduction et d’hibernation : Destruction des anciens ponts, des ruines, colmatage des ouvertures des bâtiments, abattage des arbres morts, fermeture des cavités souterraines, (...).
- La perte et l’altération des habitats naturels utilisés comme sites d’alimentation (terrains de chasse) et corridors de déplacements : Suppression des haies, bosquets et broussailles, assèchement des zones humides, rectification des cours d'eau, (...).
- La diminution des ressources alimentaires liée à l’utilisation de pesticides et à la modification des pratiques agro-pastorales : Les différents traitements chimiques ont un impact direct sur les populations d'insectes engendrant une diminution des individus mais aussi sur les populations de chauves-souris avec des empoisonnements par ingestions d'insectes intoxiqués mais encore vivants.
- La mortalité routière : Malgré la précision de leur système d'écholocation, les chauves-souris subissent fréquemment des collisions avec divers véhicules.
- La méconnaissance des chauves-souris qui engendre des destructions involontaires ou volontaires : La méconnaissance de ces animaux et les nombreux mythes et légendes véhiculés à leur sujet entraîne une phobie généralisée des particuliers.
- Les dérangements pendant l'hibernation ou l'élevage des jeunes : L'hibernation est une période extrêmement critique pour les chauves-souris qui doivent économiser leur énergie. Tout dérangement à cette période est très coûteux en énergie et compromet fortement leurs chances de survie. De même en période estivale où les chauves-souris sont aussi très vulnérables. Perturber une colonie peut alors provoquer avortement, panique générale, abandon des jeunes et/ou du gîte.