Le site Natura 2000 a été désigné pour la protection de quatre espèces de chiroptères inscrites dans l'annexe II de la Directive Habitat, Faune, Flore (DHFF) :
Les enjeux pour le grand rhinolophe et le grand murin sont particulièrement importants car le site Natura 2000 englobe une part considérable des naissances du Morbihan.
Si l'observatoire de la biodiversité a édité un constat alarmant quant à l'évolution des populations de chauves-souris en France métropolitaine - à savoir une baisse de 55% entre 2006 et 2013 - sur le plan régional, seul le grand rhinolophe décline, tandis que les populations de petits rhinolophes, murins à oreilles echancrées et grands murins sont croissantes. * (Cette tendance ne semble pas identique dans les gîtes du site Natura 2000).
La vunérabilité du grand rhinolophe sur le plan régional ainsi que la proportion de naissances dans les gîtes du site, méritent qu'une attention particulière soit portée à cette espèce. De la même manière, le site Natura 2000 joue un rôle important dans la préservation du grand murin. A contrario, les effectifs de petits rhinolophes sont incertains et ceux des murins à oreilles échancrées sont faibles.
D'après les effectifs du site Natura 2000 et la note de responsabilité régionale pour les quatre espèces, nous pouvons considérer que le site Natura 2000 a une responsabilité très forte pour le grand rhinolophe et le grand murin, forte pour le petit rhinolophe et moyenne pour le murin à oreilles échancrées.
*Baudouin A. Analyse statistique de la démographie de quatre espèces de chauves-souris : le petit rhinolophe, le grand rhinolophe, le grand murin et le murin à oreilles échancrées., sur 13 années de comptage de Bretagne, et de son lien avec des facteurs environnementaux. 2013